После геофака Борис Соколов окончил заочную аспирантуру Института этнографии АН СССР, где в 1986 г. защитил диссертацию на соискание степени кандидата исторических наук.
В 1992 году на филологическом факультете МГУ защитил диссертацию на соискание степени доктора филологических наук по теме «Творческая история романа Михаила Булгакова „Мастер и Маргарита“»
(первая докторская диссертация по Булгакову в России и СССР).
Автор 60 книг по отечественной истории и филологии, в том числе энциклопедий «Булгаков» и «Гоголь», книг "Расшифрованный Булгаков: Тайны «Мастера и Маргариты», «Тайны русских писателей», «Моя книга о Владимире Сорокине», «Михаил Булгаков: Загадки судьбы», «Михаил Булгаков: Загадки творчества», биографий Михаила Булгакова, Сергея Есенина, маршалов Тухачевского и Жукова, Берии и Сталина, Гитлера и Гиммлера, Инессы Арманд и Надежды Крупской; книг «Вторая мировая: факты и версии», «Тайны Второй мировой», «Тайны финской войны», «Сто великих войн», «Сто великих политиков», «Оккупация: правда и миф», «Россия: Удачи минувшего века» (в соавторстве), «Буденный», «Врангель», «Рокоссовский» и др. 
Борис Соколов автор нескольких сотен научных статей, в том числе переведённых на иностранные языки.
Выступление на т/к "Дождь" - http://tvrain.ru/articles/istorik_boris_sokolov_tsel_zakona_o_reabilitat...